Ja, hilft auch dann. Mein root Account ist ebenfalls deaktiviert, geht trotzdem. Im Grunde macht es mehr oder weniger das Gleiche wie sudo, was ja auch ohne festgelegtes Passwort für root läuft.
Ich weiß nicht genau wie pkexec intern arbeitet, aber so wie ich das verstehe zieht es die Rechte von polkit, was wiederum seine eigenen Config Dateien unabhängig von sudoers hat und Nutzern in wheel wohl standardmäßig root Rechte gewährt. Also solange du noch in der wheel Gruppe bist sollte das Ganze funktionieren.